huffyuvで劣化知らず
映像コーデックは MPEG,DivX,DV,WMV などいろいろありますが、その多くは映像を圧縮するときに劣化させます。
元に戻らないので非可逆圧縮といいます。
だからといって、非圧縮で保存すると膨大なデータ量になってしまいます。
そこで使えるのが、元に戻る圧縮、つまり可逆圧縮と呼ばれるものです。
その中で、フリーではほとんどオンリーワンともいえるものが huffyuv です。
また、これを改良（改造）したものに huffyuvs というものがあります。
両者は、大雑把に言うと内部の YUV→RGB 変換式が違うのですが、昔の不自由だったDTV環境の名残りと考えてよいでしょう。
今の時代、両者の違いが出るような使い方をしているとしたらそれ自体を改めたほうが良いかもしれません。
ですので、特にどちらを使っても問題ないです。
細かいことを書くと、huffyuvs はインストーラに問題があるらしく、うまくアンインストールできないらしいです。
ただし未確認です。
その代わりかどうか知りませんが、huffyuvs には CCEパッチ済みというバージョンがあり、MPEG2エンコーダの CinemaCraft Encoder に入力するときはこれを使ったほうが良いようです。
大元の配布サイトは消えてしまったようなのですが、有志の方が保存してくれているのでぜひ google で探して導入してみてください。
設定についてもいくつかポイントがあります。
huffyuv(s)の設定画面
まず一番上の圧縮方法ですが、これはYUV、RGBともにfastestでいいと思います。
huffyuvは中間ファイルに使用することがメインなので、圧縮率よりもスピードを優先させましょう。
フィールド閾値というのは、映像のフィールド数（縦のサイズ）がこの数字を超えるとインターレースとして扱うというものです。
バージョンによっては設定項目がないものもあります。
もっとも、圧縮方法が多少変わるだけで、あまり大きな影響はありません。
むしろ、圧縮時と展開時で違っているとダメな場合があるようなのでデフォルトのままにしておきましょう。